Auch die passive Sicherheit konnte noch einmal verbessert werden. So wurde die Stahlkarosserie durch den Einsatz von hochfesten Stählen um gut 50 Prozent gegenüber dem Vorgängermodell steifer. Die Insassenbelastung beim Crash wurde minimiert, die Karosserieverformung erfolgt in klar definierten Umfängen, die Türen bleiben auch nach Unfällen funktionstüchtig und lassen sich durch die neuen Türgriffe unter erschwerten Bedingungen leicht öffnen, außerdem wurde auf die Minimierung des Brandrisikos unter allen Umständen, bei allen Unfallarten geachtet.
Der E46 erhält serienmäßig Seitenairbags, vorne für Kopf und Thorax, sowie Gurte mit -Strammern und Kraftbegrenzern. Das neue Schutzsystem wird durch eine Beifahrersitz-Belegungserkennung vervollständigt, die ab März 1999 durch eine Kindersitzerkennung ergänzt werden wird. Außerdem gibts ein ITS-Kopfairbag, der mit für optimalen Schutz beim Seitenaufprall bietet.
BMW ist davon überzeugt, daß die neue 3er-Limousine in Fragen er Sicherheit "world class leader" im Vergleichssegment ist.